何らかの配布場

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嬉しいお言葉ありがとうございます…！楽しく使っていただけて何よりです！

「他の画像ビューアを使用したときの挙動」はまさに心配していたことだったので、事例のご報告をいただけてありがたいです。
恐らくGLightboxを読み込むスクリプトは「skin-cover.html」の</body>直前に書いていらっしゃると思います(違ったらすみません)、この付近に

<!-- ↓非表示にした画像をリンクごと消す処理 -->
<script>～</script>

という部分があります。このスクリプトで非表示にした画像を消す処理を行っているのですが、GLightboxが動くタイミングがそれより早いので起こる現象だと思われます。
<!-- ↓非表示にした画像をリンクごと消す処理 --><script>～</script>をGLightboxの読み込みスクリプトの前に移動し、
$(function() {
の部分を↓
document.addEventListener('DOMContentLoaded', function() {
に書き換えてみてください。恐らくこれで大丈夫じゃないかと思います。(私もJSは初心者なのでもしかして間違ったことを書いていたら申し訳ありません…)

うまく動かなかったとか、不具合が起こったなどありましたらまたお気軽にご連絡ください！